Сезон 2 Эпизод 20 - Панама
В аэропорту Мексики Ти-Бэг замечает преследующих его Сукре и Беллика. Ти-Бэгу удается ускользнуть, но его ловит полиция и по приказу Компании Ти-Бэг отправляется в Панаму. Сукре и Беллик следуют за ним. Майкл и Линкольн собираются уплыть на грузовом судне в Панаму. Сара направляется к ним, но замечает слежку, и, не желая ставить под удар братьев, остается на пристани и сдаётся в руки Махоуни. Майкл и Линкольн уплывают без неё. Махоуни пытается вычислить значение словосочетания Кристина Роуз на татуировке Майкла, которое подскажет ему, куда именно братья направляются в Панаму. Но Си-Ноут уже даёт показания против него и статус Махоуни в ФБР рушится. Ким предлагает Махоуни последний вариант спасения его карьеры и жизни – отправится в Панаму на поиски братьев и вовлечь их в новый план Компании, который на этот раз вовсе не предполагает убийство Берроуза и Скофилда. Махоуни разгадывает значение словосочетания Кристина Роуз и улетает в Панаму. Но перед этим он через сайт, зная способ связи с Майклом от Си-Ноута, связывается со Скофилдом и притворяясь Сукре, заставляет Майкла приехать в отель в столице Панамы, в котором уже поселился Ти-Бэг. Майкл поддаётся на уловку и оставляя Линкольна одного, бросается стремглав в отель с целью поймать Ти-Бэга и отдать его в руки властям и таким образом хотя бы частично очистить свою совесть.
Сара сдается ФБР, чтобы позволить Линкольну и Майклу скрыться в Панаме. Беллик заставляет Сукре искать деньги Вестморленда с ним. Си-Ноут соглашается дать показания против Махоуна в обмен на свободу.
Сезон 2 Эпизод 21 - Отель «Конец пути»
На балконе отеля, наводку на который он получил через сайт от Махоуни, прикинувшимся Сукре, Майкл видит Ти-Бэга. Но тут перед отелем Скофилд внезапно сталкивается с Белликом и Сукре, а так же замечает окружающих отель агентов. Майкл понимает, что его заманивают в какую-то ловушку. Однако, желание сдать Ти-Бэга властям сильнее инстинкта самосохранения и Майкл вместе с Сукре и Белликом выманивают Ти-Бэга из отеля и идут за ним по улице. За углом прячется Махоуни, но когда он собирается присоединится к преследованию Ти-Бэга, Майкла, Сукре и Беллика, на него внезапно набрасывается появившийся Линкольн. Они дерутся и Махоуни одерживает верх. Он приковывает наручниками Линкольна к трубе. Тем временем в США Пол Келлерман пытается совершить самоубийство, но пистолет даёт осечку. Над Сарой Танкреди продолжается суд. Сару обвиняют в помощи организации побега заключенных из Фокс Ривер. Если она признает свою вину, ей предстоит просидеть в тюрьме 12 лет.Ти-Бэг заманивает Бэллика, Сукре и Майкла в запертую комнату с трупом проститутки, которую он убил по приказу Компании, и спустя пару минут за окнами раздаётся вой полицейской сирены. Ти-Бэг сбегает, Майкл и Сукре отправляются за ним. Беллика ловит полиция, обвиняет в убийстве девушки и отправляет в тюрьму. Майклу и Сукре удаётся поймать Ти-Бэга, но по дороге в машине, Ти-Бэг втыкает в Сукре отвертку и автомобиль переворачивается. Сукре увозит Скорая помощь, а Майкл убегает в лес по следу Ти-Бэга. В лесу в заброшенном доме между Майклом и Ти-Бэгом происходит схватка, Майкл удаётся победить и он убегает вместе с пятью миллионами в рюкзаке. Ти-Бэга хватает полиция. В деле Сары Танкреди происходит неожиданный поворот – в зал суда приходит Пол Келлерман и даёт показания, полностью оправдывающие как Сару, так и Линкольна.Майклу звонит Махоуни и требует 5 миллионов в обмен на Линкольна. Майклу предстоит принять непростое решение.
Показания Кэллермана освобождают Сару и Линкольна от обвинений.
Сезон 2 Эпизод 22 - Сона
Благодаря показаниям Келлермана, с Сары и Линкольна сняты все обвинения. Отныне Линкольн свободный человек, никогда не нарушавший закон. Майкл в Панаме придумывает план и подставляет Махоуни, тот отправляется в тюрьму. Майкл выручает Линкольна из плена Махоуни, но по их следу отправляется Ким, уже приехавший лично в Панаму. Сукре сбегает из больницы, чтобы найти Беллика и узнать куда тот дел Марикруз. Но по дороге он теряет сознание и остаётся лежать на асфальте, истекая кровью. Майкл и Линкольн встречаются с прибывшей в Панаму Сарой и втроём вместе с пятью миллионами собираются уплыть подальше. Но в этот момент появляется Ким и рушит казавшийся таким возможным хэппи-энд всей истории. Сара застреливает Кима, рюкзак с пятью миллионами тонет в воде, со всех сторон слышится вой полицейских сирен. Линкольну удается бежать, а по следу Сары и Майкла отправляется полиция. Не имея другого выхода из ситуации, Майкл берет вину Сары на себя и отправляется в тюрьму. Линкольн приходит в полицейский участок и пытается найти Сару, но теряет её из виду на улице. За Сарой же отправляется по следу некий человек в черном. Майкла и Махоуни привозят в самую страшную тюрьму Панамы под названием Сона. Майкл идёт по коридорам жуткой Соны и видит на полу избитого до полусмерти Беллика. Тем временем в исследовательском центре штата Нью-Йорк представители Компании во врачебных халатах ведут разговор на тему того, что побег Майкла из Соны – это как раз то, что им и требуется. Майкл же шагает по полутемному помещению и уже начинает строить новый план побега из тюрьмы…
Арестованные Махоун и Майкл оказываются в панамской тюрьме, где уже отбывают срок Беллик и Ти-Бэг.